A Companhia de Jesus foi a congregação religiosa que maior número de institutos fundou em toda a Ásia. O facto de acolher túmulo de São Francisco Xavier poupou a casa professa do Bom Jesus de Goa da destruição, como aconteceu com as outras construções da Companhia de Jesus. O início da construção remonta ao ano de 1585, e o primeiro responsável pelas empreitadas foi o padre Domingos Fernandes. A igreja privativa foi começada a construir em 24 de Novembro de 1594.

A capela de São Francisco Xavier foi concluída em 1659. É aqui que está a magnífica caixa de prata feita por artistas goeses, onde repousa o corpo do Apóstolo do Oriente, e o monumento em que esta assenta, oferecido pelo grão-duque da Toscana, Cosimo III Medice, executado por Giovanni Battista Foggini, cerca de 1697.