Em 1528 D. Nuno da Cunha fez o sultão de Mombaça tributário de Portugal, e só em 1699 é que a cidade caiu em poder dos muçulmanos de Oman, vindo apenas a ser recuperada, mas por breve período, em 1728 e 1729. Foi aí levantada depois uma fortaleza a que foi dado o nome de Jesus, e que foi a primeira fortificação moderna feita de raiz, construída na Costa Oriental da África.

A obra deve-se ao vice-rei da Índia, Matias de Albuquerque, e foi o engenheiro-mor Giovanni Battista Cairato quem delineou o projecto. A construção ficou a cargo do mestre-de-obras Gaspar Rodrigues. As alterações que foram introduzidas depois da saída dos portugueses não alteraram substancialmente o fácies da fortaleza.